O Centro de Referências em Educação Integral é uma iniciativa da Associação Cidade Escola Aprendiz em parceria com outras organizações não governamentais e com o apoio da União Nacional dos Dirigentes Municipais de Educação (Undime) e da Organização das Nações Unidas para a Educação, a Ciência e a Cultura (Unesco) para promover a pesquisa, o desenvolvimento, aprimoramento e difusão gratuita de referências, estratégias e instrumentais que contribuam para a formulação, gestão e avaliação de políticas públicas de Educação Integral no Brasil.

Com a proposta de pesquisar e sistematizar caminhos possíveis para fortalecer a educação integral como agenda prioritária no país, o programa é gerido e cofinanciado pela Fundação Itaú Social, Fundação SM, Instituto Inspirare, Instituto Natura e Instituto C&A e Instituto Oi Futuro. Em sua estrutura de gestão também participam a Faculdade Latino Americana de Ciências Sociais (FLACSO), o escritório Cenários Pedagógicos, o Cenpec – Educação, Cultura e Ação Comunitária, o Centro Integrados de Estudos e Programas para o Desenvolvimento Sustentável (CIEDS), o Instituto Alana, Instituto Rodrigo Mendes e o Movimento de Ação e Inovação Social (MAIS).

Para tanto, o programa investe em uma agenda de incidência,  mobilizando e articulando atores-chave, temas e fóruns estratégicos para a defesa e promoção da agenda de educação integral no país e na pesquisa e desenvolvimento metodológico de instrumentos e processos que apoiem as redes municipais e estaduais na formulação e gestão de políticas de educação integral.